Desde el inicio de labores del Jardín Botánico Francisco Javier Clavijero (JBC) el 1977, el establecimiento de la colección científica de plantas vivas, la conservación del bosque de niebla y posteriormente el Santuario de Bosque de Niebla (SBN) han sido considerados su atributo más importante. Las actividades del JBC han girado en torno a esta colección de plantas documentadas, de la cual varios grupos taxonómicos han destacado con el tiempo. En sus inicios, la colección de plantas era relativamente pequeña y con el pasar de los años se ha incrementado su tamaño a medida que nuevos especímenes fueran incorporados principalmente por botánicos, especialmente aquellos que contribuyeron con el proyecto Flora de Veracruz.

El Jardín Botánico Francisco Javier Clavijero alberga más de 5 mil ejemplares, pertenecientes a más de mil especies ubicadas en las exhibiciones al aire libre y en los invernaderos. Esta colección ha sido pieza clave para posicionar el JBC como uno de los jardines botánicos líderes en conservación vegetal a nivel nacional e internacional. El JBC introdujo por primera vez en el país el concepto de colecciones nacionales de plantas vivas, contando con dos colecciones nacionales consolidadas (Cícadas y bambúes nativos de México) y una más en vías de lograrlo (género Pinguicula). Además, muchas de estas plantas son del agrado de los miles de visitantes que recibe el JBC anualmente. Es importante mencionar que esta colección está registrada como una colección científica ante la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) con clave de registro VER-FLO228-09-09.

La médula de cualquier colección científica yace en la calidad de sus registros y bases de datos, así como una liga eficiente de ubicación dentro del Jardín de cada uno de los individuos con estas bases. Así se recapitula la manera de adquirir, registrar, documentar, dar seguimiento de las colecciones e identificar las acciones prioritarias para su mantenimiento a largo plazo.