El trabajo del área de horticultura está enfocado a dar mantenimiento general al jardín botánico, incluyendo al Santuario del Bosque de Niebla. Gracias al trabajo de los horticultores, esta área se encarga de manejar y mantener un vivero que produce principalmente especies de árboles y arbustos nativos del bosque de niebla, para que sean utilizados con fines de investigación, conservación, reforestación y restauración del bosque. El área de horticultura también se encarga de cultivar y mantener con buena salud los ejemplares de la colección científica de plantas vivas.

En el área de horticultura laboran técnicos académicos y horticultores, todos ellos personas con muchos años de probada experiencia, continuamente capacitados. Este equipo cuenta con la Certificaciones en Horticultura Práctica y en Enseñanza de la Horticultura por la Universidad de Edimburgo, Escocia, y en algún caso con formación en el Colegio de Horticultura de Merrist Wood, Inglaterra, los Reales Jardines Botánicos de Kew, Inglaterra y el Institute of Horticulture. También cuentan con la Acreditación como Podadores de Árboles Urbanos por la Asociación Mexicana de Arboricultura. El alto nivel de entrenamiento que poseen les permite generar trabajo de horticultura y arboricultura de alta calidad y, desde luego, compartir adecuadamente este conocimiento con la comunidad a través de los programas permanentes de educación ambiental, talleres y cursos dirigidos al público en general. Todos ellos participan como instructores en el Diplomado en Jardinería y Manejo Integral de Bosques Urbanos que ofrece el Jardín Botánico.

En los viveros del jardín botánico se lleva a cabo la preparación de sustratos, la propagación y el cultivo de plantas. Además de los viveros, el JBC cuenta con invernaderos y una zona para manejo de sustratos. En los invernaderos se cultivan bajo condiciones controladas al menos 3000 ejemplares de la colección científica, y plantas que son parte de experimentos de investigadores y estudiantes.

El jardín botánico tiene también un área de composta donde realiza un manejo integral de los residuos y recicla los productos de la poda diaria, las hojas secas y la tierra. El material compostado resultante es utilizado para enriquecer suelo, preparar sustratos para la siembra de semillas, propagación y cultivo de las diferentes plantas.

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