La Meliponicultura es la práctica que involucra el manejo de varias especies de abejas nativas sin aguijón. Es una actividad que desde la antigüedad es practicada en México y que brinda importantes beneficios económicos y culturales. El proyecto Meliponario busca aprovechar la oportunidad que brindan las colecciones del Jardín Botánico Clavijero y la vegetación del Santuario del Bosque de Niebla como sitios aptos para el mantenimiento de la diversidad de abejas meliponas en esta región, fortaleciendo su papel como polinizadores, además de mostrar algunas tecnologías para la producción de miel virgen y otros productos de las colmenas.