El Santuario del Bosque de Niebla es uno de los espacios de mayor relevancia en el INECOL, pero la historia de este espacio natural protegido ha sido un tanto curiosa y, a veces, enredada. En el año 1975 el gobierno de Veracruz adquirió la propiedad privada llamada Rancho Guadalupe, de 77 hectáreas, a la que, una vez incorporada al patrimonio del pueblo de Veracruz, se le cambió el nombre a Parque Francisco Xavier Clavijero. Casi al mismo tiempo se publicó el decreto que estableció que las diferentes fracciones de este parque tendrían como destino “(…) la creación de una zona boscosa y servicios para uso y recreo popular, difusión cultural, investigación botánica incorporando el conocimiento popular y la conciencia ambiental; la preservación, fomento y mejoramiento de una zona de bosque de libre acceso y el establecimiento de un jardín botánico”.
Fue en agosto de 2012, siendo director general del INECOL el Dr. Martín Aluja, y con el apoyo de la Secretaría de Medio Ambiente, cuando se logró que la legislatura de Veracruz declarara Reserva Ecológica al Parque Francisco Xavier Clavijero y que poco después, en septiembre de ese mismo año, donara al INECOL las fracciones mencionadas. Con este acto el sitio quedó incorporado al patrimonio del Instituto, con nuevos retos y responsabilidades, pero a la vez con la posibilidad legal de invertir en el mejoramiento y creación de infraestructura para su uso, manejo y protección.
Uno de los aspectos más valiosos del sitio, aunque no el único, es su destacada diversidad biológica y disponibilidad de agua. El sitio es abundante en árboles, bejucos, arbustos, epífitas, musgos, hongos, además de diferentes grupos de plantas y animales. En 2013 la Dirección General del INECOL apoyó el proyecto estratégico “Estudio integral 2013-2037 de la Biodiversidad del Jardín Botánico Francisco Javier Clavijero con énfasis en el Santuario del Bosque de Niebla”, que ha permitido conocer con mayor detalle y precisión los diferentes seres vivos que habitan el lugar y que dio origen al libro Biodiversidad del Santuario del Bosque de Niebla, publicado en 2020.
Finalmente, el Programa de Manejo del Área Natural Protegida Parque Francisco Xavier Clavijero se publicó en noviembre de 2018 y fue resultado del trabajo colaborativo de grupos de especialistas de la Secretaría de Medio Ambiente de Veracruz, de Pronatura Veracruz y, desde luego, del INECOL. El programa de manejo incorpora los objetivos estratégicos de la Estrategia Mexicana para la Conservación Vegetal 2012-2030 y propone acciones concretas y buenas prácticas para la protección del bosque y su diversidad biológica y para la apropiación social del lugar.
Se ha avanzado mucho en su gestión, pero la tarea no está terminada. El acelerado crecimiento de la mancha urbana de la ciudad de Xalapa aún afecta a este espacio natural protegido. Ejemplo de ello es la persistencia del asentamiento ilegal en “El Roble”, un predio colindante con el Santuario que origina deforestación y contaminación por aguas residuales y basura. El Jardín Botánico es el área encargada de su manejo y mantenimiento, y también es responsable de lograr cada vez mayor vinculación con los visitantes a través de actividades para todo público con el fin de posicionar al Santuario en el conocimiento público y avanzar hacia una más eficaz protección.