Durante la noche y al amanecer los mamíferos buscan alimento y están más activos. En el Santuario habitan diversos mamíferos terrestres como cacomixtles, mapaches, tlacuaches, ardillas, ratones y zorras. También es hogar de varias especies de murciélagos que se alimentan exclusivamente de frutas y que dispersan las semillas participando en la regeneración del bosque. También hay especies que polinizan diferentes plantas y otros más que comen insectos.

En los bosques en donde han desaparecido las poblaciones de mamíferos, llamados “bosques vacíos”, habrá con el tiempo menos árboles porque no tendrán quien los disperse y con ello los ecosistemas irán perdiendo su capacidad de mantenerse.